Elle est à nouveau tirée de sa retraite par le rocambolesque enlèvement d’Isabelle d’Angoulème perpétré par Jean Sans Terre à la fin de l’été 1200. Isabelle, fille du comte d’Angoulême et âgée de 14 ans, est fiancée à Hugues de Lusignan, comte de la Marche ; le mariage devait sceller l’alliance des maisons d’Angoulême et de la Marche, unifiant un domaine féodal puissant au cœur des possessions Plantagenêt.
C’est peut-être là une des raisons qui poussent Jean Sans Terre, dont l’union avec Havise de Gloucester est restée stérile, à enlever, au mépris de toute convenance et de tout respect du droit féodal, la fiancée de son vassal qu’il s’empresse d’épouser en la cathédrale de Poitiers, avant de la faire couronner le 8 octobre 1200 à Westminster. Aliénor, consciente des risques, marque néanmoins son assentiment en garantissant un douaire à Isabelle en faveur de qui elle consent un transfert de suzeraineté sur les villes de Niort et de Saintes. Parallèlement, elle tente de s’assurer pour le moins de la neutralité du nouveau duc de Bretagne, Guy de Thouars, devenu beau père et protecteur du jeune Arthur par son mariage avec la duchesse Constance, veuve de Geoffroy.

Au terme de deux années au cours desquelles les tentatives d’apaisement de la colère des seigneurs poitevins alternent avec les vexations provoquées par l’arrogance du souverain anglais, Philippe Auguste croit venu le moment de profiter de la situation en convoquant Jean Sans Terre devant la cour de France le 28 avril 1202. La commise, ou confiscation, de tous les biens continentaux du Plantagenêt est prononcée. Poussant l’avantage, il s’empare de la Normandie et envoie en Poitou une armée placée sous le commandement d’Arthur de Bretagne rallié aux Capétiens. Aliénor décide alors de quitter Fontevraud pour trouver refuge à Poitiers. Son voyage est interrompu par une offensive d’Arthur et d’Hugues de Lusignan qui la contraignent à se replier à l’abri des murs de Mirebeau. Le siège est levé par une intervention des troupes de Jean Sans Terre qui fait prisonnier Arthur. De Mirebeau, elle gagne Chinon puis Fontevraud.

C’est à Fontevraud qu’Aliénor passe les deux dernières années de sa vie (1202-1204) durant lesquelles elle assiste, sans pouvoir y remédier, au déclin du pouvoir de son dernier fils. Jean Sans Terre, qui après avoir fait égorger son neveu Arthur dans sa prison de Rouen a perdu l’appui des vassaux que lui avait assurée la diplomatie de sa mère, se montre incapable de maintenir son pouvoir sur la Normandie. Quelques semaines avant sa mort, le 6 mars 1204, elle doit apprendre que le roi de France s’est emparé de Château Gaillard.

Le 31 mars, Aliénor expire ; le lieu de son décès est aussi mystérieux que celui de sa naissance : Poitiers ou Fontevraud ?
C’est en tout cas dans l’église de cette abbaye qu’elle est inhumée en habit de moniale fontevriste, dans une tombe qui ne sera que quelques années plus tard surmontée du gisant, peut être commandé de son vivant, qui l’immortalise sous les traits de la reine pieuse et altière que nous donne à connaître, au-delà des regards malveillants de quelques chroniqueurs, une histoire richement documentée.